洁净装备工程空调冷热源的设置应应遵循就近性、适用性、安全性、匹配性、经济性原则。
空调冷热源站房应靠近负荷中心设置，可降低输送能耗，保证供水温度，也便于水力平衡。空调冷热源供应设备的装机容量要满足末端空气处理设备冷热量的需求。为了提高洁净空调在极端天气的保障性，并考虑换热器内部堵塞、水系统冷量和热量损失、风系统气密性和能量损失、末端空气处理装置因积尘引起的效率下降及设备性能随使用年限衰减等因素，洁净空调冷热源供应设备的装机容量宜在设计负荷的基础上考虑不超过10%的富余量。
洁净工程设置冷热源时，设备一般不少于2台。当空调冷热源设备在一台出现故障的情况下，剩余冷热源设备应保障基本供冷（热）量的要求，一般认为不低于设计冷（热）量的75%，相对比较安全。洁净工程的供冷时间一般都比医院其他区域长，大楼冷源应能满足延长和提前供冷的需求。过渡季冷源可以和大楼共用夏季冷源，但要满足洁净空调使用的实际需求。冬季需要制冷时，冷机应满足冬季低温天气开机的要求。
冷热源供应设备的工作时间要和末端设备运行的时间、运行周期匹配。设置冷热源时，应满足白天高峰时刻和夜间低谷时刻的使用要求。当不同时间段、不同区域负荷要求相差较大时候，应合理选择冷热源结合的形式，满足洁净装配工程不同时刻的使用需求。
冷热源供应设备的选择应综合考虑初投资的成本、投入使用后的运行成本和维护成本。
（1）首先要比较冷热源设备本身的初投资成本。
（2）要考虑冷热源设备配套设施的初投资成本，这些配套设施包括：建筑的投资（机房占用面积成本）、配电线缆和配电设备的成本、配套管道的成本、配套冷却塔设备的成本等。
（3）要综合计算冷热源设备投入使用后的运行成本和维护成本。其中运行成本主要包括冷水机组、风冷热泵、水泵、冷却塔等设备的耗电量，燃油、燃气等其他能源可按能源品位折算成等效耗电量。通过计算净化区域单位面积空调能耗指标，可对洁净装备工程空调冷热源的节能性进行评价。
